肿瘤免疫分析,你一定要把持这个数据库!
时间:2023-01-20 12:15:50
原作者:作图凤
导语
背景介绍在骨髓致病分析甚为火热的或许,轻松的借助于之外数据资料库可以让我们的研究成果简便许多。 那时候小编给大家介绍的数据资料库是TISIDB()---一个通过构建研究成果篇名和多种多种类型的生物医学数据资料来建立的关于骨髓-致病强子的数据资料库。普通用户可以通过查询存储在 TISIDB 中的的各种数据资料森林资源,轻松地查询特定基因与骨髓发生环境中的的致病关系。
数据资料介绍TISIDB集成了五种多种类型的数据资料:1、 来自 PubMed 数据资料库的文献挖到结果。2、 用于检查骨髓蛋白质对 T 蛋白质介导的杀伤的施用和危险性的生物医学比对数据资料(例如 CRISPR-Cas9、shRNA 和 RNAi)。3、 很强致病治疗的患者队列(应答者和非应答者)的外显子组和 RNA 测序数据资料集。4、 来自结核病基因组图谱 (TCGA) 的 30 种结核病多种类型的基因组学、磷酸化组学和临床研究数据资料。5、 公共数据资料库,之外 UniProt、GO、DrugBank 等。这些数据资料被构建到每个基因的十类数据资料中的。
数据资料库的运用于数据资料库的官方网站是甚为含蓄的,我们并不需要在右下方的查询板输入查询的基因名,在这里用示例的CD47,点击submit。
查询的结果见如下
点击CD47,即可进入具体章节的分析介面
我们可以看到上方有十类数据资料,都是对这个基因的各方面原文 第一类主要之外三个一小:1、亚蛋白质导向、结构域和动态。2、GO。3、KEGG。 这三部 分在下面有简略的刻画。
第二类是文献,之外篇名题目和PMID等数据资料
第三类是一些生物医学比对的数据资料集
第四一小是致病治疗,之外 响应者和非响应者之间的表达出来差异和变异差异的GIS图像和具体章节数据资料。
第五一小是淋巴蛋白质,可以察看CD47表达出来程度、拷贝数、磷酸化、变异与骨髓伴生淋巴蛋白质之间的关联性,x轮轴是骨髓的多种类型,y轮轴是淋巴蛋白质,可以在下拉菜单中的展开选取。
第六一小是致病调节剂,可以察看CD47表达出来程度、拷贝数、磷酸化、变异与致病抑制剂、致病增强剂、MHC大分子之间的关联性。
第七一小是激酶,可以察看CD47表达出来程度、拷贝数、磷酸化、变异与激酶和复合物之间的关联性。
第八一小是变异,之外致病变异和大分子变异,分别演示各种结核病中的和一种结核病的多种不同变异中的表达出来程度。
第九一小是临床研究,分别之外OS、再行和国际标准,演示在多种不同结核病中的生存时间的分布和一种结核病多种类型中的生存的差异程度。
第十一小是药物靶标,由于CD47没有数据资料,运用于TP53试试!
小编总结在运用于上来看,数据资料库的查询甚为简单,只并不需要输入我们不感兴趣的基因名,剩下的展开点击选取就可以了,并且数据资料库构建了很多组学的数据资料,将结果归为为演示的十个一小数据资料,我们可以根据我们瞩目的章节轻松的展开选取!
END
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